El Instituto Tecnológico Superior «Proyecto 2000» fue creado el 7 de junio de 1993 mediante el Acuerdo Ministerial Nro. 94. Desde entonces, ha evolucionado y se ha integrado al Sistema Nacional de Educación Superior según la Ley Orgánica de Educación Superior.

Aprobado por el CONESUP el 28 de septiembre de 2000, comenzó sus actividades presenciales en Quito bajo el rectorado de la Magister Magdalena Cevallos Carrión. Inicialmente, ofreció una amplia gama de carreras técnicas y tecnológicas, como Administración, Comercio Exterior, Comunicación Visual, Mecánica Industrial, y más.

En octubre de 2005, el CONESUP declaró inactivas la mayoría de estas carreras debido a tres años de inactividad, excepto Comercio Exterior.

El 16 de marzo de 2007, se abrió una nueva sede en Cayambe, ofreciendo carreras en Administración de Empresas, Agropecuaria, Agroindustrias y Automotriz. Esta sede fue fortalecida en 2008 cuando se cerró la matriz en Quito para concentrar todos los programas académicos en Cayambe.

Desde 2008, la institución ha trabajado en colaboración con entidades públicas y privadas para mejorar sus programas educativos, rediseñar las mallas curriculares y cumplir con los requerimientos del CONESUP.

En 2012, el Ing. Antonio Toledo asumió el rectorado y en 2013 se graduó la primera promoción de estudiantes en las nuevas carreras ofrecidas en Cayambe.

En 2013, las hermanas Méndez adquirieron el instituto y solucionaron problemas de titulación, estabilizando la administración. En 2017, se priorizó la oferta académica, y actualmente se ofrecen tres carreras tecnológicas: Administración de Empresas, Producción Agrícola y Mecánica Automotriz.

Finalmente, el 2 de junio de 2019, se oficializó el cambio de nombre a Instituto Superior Tecnológico Proyecto 2000, conforme a las disposiciones del CES.